Figlia d'arte (il padre era il noto cantante Filippo Alotta), inizia la sua attività di cantante come corista in dischi di vari cantanti italiani, tra cui Volano le pagine di Mietta (1991), e come componente de Le Compilations, gruppo musicale per Domenica in nelle edizioni tra il 1988 e il 1990. Nel 1991 vince il Cantagiro con Chiamata urgente. L'anno seguente vince il quarantaduesimo Festival di Sanremo nella sezione "Novità" con Non amarmi in coppia con Aleandro Baldi. Dal suo primo album Francesca Alotta viene estratto il singolo Fragilità, con cui partecipa al Cantagiro.
Nel 1993 partecipa di nuovo al Festival di Sanremo con Un anno di noi e pubblica l'album Io e te, in coincidenza con la partecipazione a Domenica in come ospite musicale fissa assieme a Fiordaliso. Segue il lancio discografico in Giappone, con una raccolta, e a Cuba, dove resta per diversi mesi in vetta alle classifiche con Yolanda, in duetto con Augusto Enriquez dei Moncada. Tra il 1995 e il 1997 partecipa come ospite musicale a Buona Domenica. Nel 1997 esce Buonanotte alla luna, album comprendente brani già noti che hanno come oggetto la luna vede collaborazioni con Demo Morselli, Federico Salvatore e Loredana Bertè, che duetta con la Alotta in ...e la luna bussò. Nel 1999 è la protagonista del musical Cenerentola di Tony Cucchiara.Nel 2004 partecipa al talent show Music Farm condotto da Amadeus, venendo eliminata dopo avere perso la sfida contro Marco Armani. Nel 2009 partecipa come concorrente al 10º Festival della nuova canzone siciliana con il brano Lassimi peddiri, mentre nel 2010 partecipa all'11º Festival della nuova canzone siciliana, nella categoria "Premio Sicilia", con la canzone Amuri miu. Nel 2014 e 2015 partecipa come ospite al programma televisivo d'intrattenimento musicale MilleVoci di Gianni Turco.
Nel suo tour attuale è accompagnata dalla "FERRO E FUOCO" band dove ripercorre i grandi successi della sua carriera ed interpreta brani che hanno scritto la storia della musica italiana ed internazionale
